Dane #
Polimorfizm pojedynczych nukleotydów (ang. Single Nucleotide Polymorphisms; SNP) jest analizowany z wykorzystaniem platformy Illumina Bovine Genotyping BeadChip. Przy wyborze SNP wykorzystywanych w ocenie odrzuca się polimorfizmy, które wykazują ponad 10% brakujących genotypów lub dla których częstotliwość rzadszego allelu wynosi mniej niż 0.01.
Dane fenotypowe pochodzą z deregresowanych (deregressed) konwencjonalnych wartości hodowlanych (EBV – Estimated Breeding Value) uzupełnionych o efektywną liczbę córek (EDC – Effective Daughter Contribution) oraz spokrewnienie osobników.
Model #
Bezpośrednia ocena genomowa (DGV) #
Bezpośrednia ocena genomowa (Direct Genomic Value) jest oparta na jednocechowym liniowym modelu mieszanym z losowym addytywnym efektem SNP, wykorzystującym jako zmienne zależne zderegresowane konwencjonalne wartości hodowlane, a jako zmienną niezależną genotypy SNP określone dla osobników jak podano w punkcie 4.1 bezpośrednio, lub na drodze imputacji z innych platform genotypujących. Oceny są ważone przez efektywną
liczbę córek (EDC).
Genomowa kombinowana wartość hodowlana (GEBV) #
Genomowa kombinowana wartość hodowlana (ang. Genomic Enhanced Breeding Value; GEBV) jest obliczana jako indeks złożony z konwencjonalnej wartości hodowlanej EBV lub, w przypadku jej braku, indeksu rodowodowego (PI) i bezpośredniej oceny genomowej DGV, ważonych przez ich dokładność.
Powtarzalność oceny #
Dokładność bezpośredniej oceny genomowej (DGV). #
Dokładność (powtarzalność) bezpośredniej genomowej oceny jest aproksymowana przez dokładność zrealizowaną na podstawie walidacji Interbull.
Dokładność kombinowanej wartości hodowlanej (GEBV). #
Dokładność (powtarzalność) kombinowanej wartości hodowlanej GEBV dla ocenionych zwierząt szacowana jest na podstawie dokładności obliczonych dla DGV, oraz EBV lub indeksu rodowodowego (PI).
Indeks i podindeksy #
Genomowe wartości hodowlane są łączone w podindeksy oraz indeks selekcyjny na zasadach opisanych w części poświęconej ocenie konwencjonalnej.
Warunki uznania i publikacji oceny genomowej #
Publikowana jest międzynarodowa kombinowana genomowa wartość hodowlana a w przypadku jej braku krajowa genomowa wartość hodowlana. Warunkiem publikacji jest wartość dokładności oszacowań dla cech produkcyjnych, która nie może być mniejsza niż 0.5.