- Czy w ramach genomowej oceny wartości hodowlanej bydła przyjmowane będą dane z genotypami zwierząt (niezależnie od źródła – laboratoria w Polsce, wymiany bilateralne) po NIEPRZEKRACZALNYM terminie przedstawionym w harmonogramie oceny?
Nie, ponieważ każde opóźnienie pracy w złożonym procesie oceny skutkuje niedostarczeniem na czas danych do kolejnych etapów obliczeń wh. Działania podejmowane przez pracowników Instytutu i jednostek współpracujących w trybie produkcyjnym kierowane są dla wszystkich odbiorców oceny w tym hodowców i spółek inseminacyjnych i innych podmiotów, a nie dla „spóźnialskich”. - Czy istnieje zbiorczy dokument z metodologią oceny wartości hodowlanej dla buhajów rasy PHF odmiany czarno-białej i czerwono-białej ocenianych konwencjonalnie i genomowo w Polsce?
Tak, zbiorczy dokument można znaleźć pod adresem Metodyka oceny wartości hodowlanej bydła mlecznego w Polsce – CRS Wiki - Co oznacza GFI, GF, G, GI, FI, F, I, MACE, GMACE?
W celu odróżnienia rodzajów ocen wprowadzono specjalne kody opisujące, dla każdej cechy, typ opublikowanej wartości hodowlanej – źródła danych:
– GFI – w ocenie krajowej uwzględniony genotyp buhaja, fenotypy córek i MACE
– GF – w ocenie krajowej uwzględniony genotyp buhaja i fenotypy córek / W ocenie uwzględniony genotyp samicy i fenotypy własne
– G – w ocenie krajowej uwzględniony genotyp buhaja / W ocenie uwzględniony genotyp samicy
– GI – w ocenie krajowej uwzględniony genotyp buhaja i MACE
– FI – w ocenie krajowej uwzględnione fenotypy córek i MACE
– F – w ocenie krajowej uwzględnione fenotypy córek / W ocenie uwzględnione fenotypy własne
– I – w ocenie krajowej uwzględniony MACE
– MACE – ocena międzynarodowa oparta o fenotypy córek
– GMACE – ocena międzynarodowa oparta o genotyp buhaja - Gdzie się podziały wcześniejsze EBV, MACE, GPI i GMACE oznaczenia:
– EBV – krajowa konwencjonalna wartość hodowlana,
– MACE – międzynarodowa konwencjonalna wartość hodowlana,
– GPI – krajowa genomowa wartość hodowlana,
– GMACE – międzynarodowa genomowa wartość hodowlana?
W ocenie jednostopniowej zostały zastąpione przez oznaczenia „źródła danych”. - W moich ocenach znalazłem zwierzęta które są ocenione zarówno konwencjonalnie jak i genomowo? Z czego to wynika?
Generalnie zwierzęta oceniane genomowo uzyskują wartość hodowlaną tylko z zakresu GPI oraz GMACE. Podobna sytuacja ma miejsce w przypadku EBV oraz MACE dla zwierząt ocenionych w systemie konwencjonalnym. Niemniej istnieje możliwość, że dla cech ocenianych tylko w Polsce, niebędących objętych międzynarodową oceną Interbull buhaje otrzymują oceny mieszane (kombinowane). Ma to na przykład miejsce w przypadku cechy – kaliber.
Podobnie jak to miało miejsce w dwustopniowym systemie oceny zwierzęta w zależności od cechy mogą otrzymywać różny typ danych w zależności od tego na jakich danych źródłowych są oceniane.
- Jak wykorzystać wyniki oceny wartości hodowlanej dla przebiegu porodów oraz przeżywalność cieląt?
Przebieg porodu cielęcia jest związany z genetycznym, bezpośrednim wpływem jego ojca (efekt PPB). Ocena wartości hodowlanej buhaja dla tej cechy, większa od 100, oznacza więc łatwiejszy poród u krów inseminowanych jego nasieniem. Z tego powodu, do inseminacji jałówek, w celu ułatwienia porodu, zaleca się wybór buhajów o wartości hodowlanej dla efektu bezpośredniego wnoszącej 110 lub powyżej. Należy jednak brać pod uwagę fakt, że w przyszłości u łatwo urodzonych córek buhaja o wysokiej bezpośredniej ocenie wartości hodowlanej, pogorszy się przebieg ocieleń, ze względu na odziedziczone po ojcu cechy budowy. Z tego powodu rekomenduje się wybór buhajów z wysoką oceną bezpośredniej wartości hodowlanej (PPB) do krycia jałówek. Natomiast do krycia starszych krów zaleca się wybór buhajów z wysoką matczyną wartością hodowlaną (PPM), co zapewni osiągnięcie postępu hodowlanego w tym zakresie. Podobne zalecenia dotyczą śmiertelności okołoporodowej cieląt (PCB, PCM) ze względu na korelacje genetyczne tej cechy z przebiegiem porodu. - Jaka jest metoda imputacji genotypów niskiej gęstości?
Genotypy imputowane są przy wykorzystaniu oprogramowania FImpute (Sargolzaei i wsp. 2014) wobec mapy ARS-UCD 1.2 genomu bydła do genotypów wysokiej gęstości (ponad 54 tysiące SNP).