Metodologia badań związanych z ustaleniem profilu cech genetycznych (cech wpływających na hodowlę, mlecznosć, uaszczenie oraz defektów genetycznych) została opracowana na podstawie wspólnych badań oraz ścisłej współpracy Instytutu Zootechniki Państwowego Instytutu Badawczego z Laboratorium genetyki bydła Polskiej Federacji Hodowców Bydła i Producentów Mleka oraz europejskiej Spółdzielni EuroGenomics.
W przypadku cech dziedziczonych jednogenowo możliwe jest odczytanie definiującego je wariantu (allelu) wyrażonego poprzez odpowiednie nukleotydy, a co za tym idzie odczytanie mutacji przyczynowej wpływającej na kształtowanie danej cechy genetycznej. W większości przypadków (między innymi BLAD, DUMPS czy HH1) wystarczy odczytać jeden marker typu SNP by zdefiniować charakter danej cechy genetycznej. W innych przypadkach (RED FACTOR oraz KAPPA KAZEINA) na zdefiniowanie okręślonego genu potrzebne jest kilka markerów typu SNP.
W badaniach wykorzystano specjalny zestaw sond (markerów SNP) charakterystyczny dla danej cechy genetycznej (syndromu chorobowego, cechy wpływającej na hodowlę, umaszczenie czy mleczność). O dobór odpowiednich sond, ich umieszczenie na mikromacierzy SNP oraz walidację dba specjalnie w tym celu powołana grupa robocza Spółdzielni EuroGenomics. Taki unikalny zestaw sond, będący wynikiem współpracy naukowców współpracujących z EuroGenomics, został umieszczony na mikromacierzy EuroG MD.
Odczyt genotypu SNP następuje bezpośrednio z mikromacierzy SNP (test bezpośredni) zdeponowanego w bazie genotypów Instytutu Zootechniki Państwowego Instytutu Badawczego bądź też może zostać imputowany (test pośredni) w procesie przygotowywania danych genomowych dla każdego osobnika. Informacje o rodzaju testu umieszczone są również na Karcie cech genetycznych.
W portalu publikowane są wyniki odczytu cech genetycznych wraz z ich interpretacją dla zwierząt, które zostały wysłane pierwszy raz (nie uwzględniane są uaktualnienia oceny) do genomowej oceny wartości hodowlanej od roku 2020.