{"id":200,"date":"2020-07-23T11:43:45","date_gmt":"2020-07-23T11:43:45","guid":{"rendered":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/?post_type=docs&#038;p=200"},"modified":"2025-02-13T11:24:25","modified_gmt":"2025-02-13T11:24:25","slug":"metodologia-badan","status":"publish","type":"docs","link":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/docs\/metodologia-badan\/","title":{"rendered":"Metodologia bada\u0144 dla weryfikacji pochodzenia"},"content":{"rendered":"\n<p>Procedura weryfikacji pochodzenia wykonywana jest zgodnie z zaleceniami <a href=\"https:\/\/interbull.org\/ib\/icar_accr_guidelines\" data-type=\"URL\" data-id=\"https:\/\/interbull.org\/ib\/icar_accr_guidelines\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">ICAR<\/a> opisanymi w dokumencie &#8222;<a href=\"https:\/\/www.icar.org\/wp-content\/uploads\/2023\/07\/ICAR-Guidelines-for-Parentage-Verification-and-Parentage-Discovery-September-2022.pdf\" data-type=\"URL\" data-id=\"https:\/\/interbull.org\/ib\/icar_accr_guidelines\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">ICAR Guidelines for Parentage Verification and Parentage Discovery based on SNP<\/a>&#8221; oraz w oparciu o list\u0119 marker\u00f3w SNP &#8222;<a href=\"https:\/\/www.icar.org\/wp-content\/uploads\/2018\/05\/List-of-SNP-approved-by-ICAR-for-Parentage-Verification-and-Exchange-in-GenoEx-PSE.pdf.xls\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">The list of recommended SNPs markers to be considered in the accreditation<\/a>&#8222;.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Podstawowe za\u0142o\u017cenia procedury<\/h3>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Ka\u017cde zwierz\u0119 poddane procedurze weryfikacji pochodzenia (tj. zwierz\u0119 i ka\u017cdy potencjalny rodzic) musi posiada\u0107 dost\u0119pny genotyp SNP, dla kt\u00f3rego minimalna cz\u0119\u015b\u0107 zestawu SNP zosta\u0142a odczytana w laboratorium genotypowania i jest dost\u0119pna w bazie danych genotyp\u00f3w SNP Instytutu Zootechniki PIB. Minimalna liczba SNP jest niezmienna i zosta\u0142a przygotowana w oparciu o r\u00f3\u017cne mikromacierze SNP powszechnie stosowane w genotypowaniu byd\u0142a.<\/li>\n\n\n\n<li>Zak\u0142ada si\u0119, \u017ce jedynie informatywne SNP (tj. SNP, w kt\u00f3rym dane zwierz\u0119 i rodzic s\u0105 homozygotyczne) dostarczaj\u0105 u\u017cytecznych informacji w procedurze weryfikacji pochodzenia, bardziej praktyczne wydaje si\u0119 oparcie analiz na ca\u0142kowitej liczbie SNP dost\u0119pnych dla danego zwierz\u0119cia i rodzica(-\u00f3w). Uwa\u017ca si\u0119, \u017ce jedna trzecia dost\u0119pnych SNP w procedurze weryfikacji pochodzenia ma charakter informacyjny, ale proporcja ta zale\u017cy od \u015bredniej cz\u0119stotliwo\u015bci wyst\u0119powania rzadszego allelu SNP w populacji rozpatrywanych zwierz\u0105t.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Metodologia bada\u0144 dla weryfikacji pochodzenia<\/h3>\n\n\n\n<p>Obecne wytyczne ISAG dotycz\u0105ce weryfikacji rodzicielstwa u byd\u0142a opieraj\u0105 si\u0119 na zestawie 100 podstawowych SNP, a nast\u0119pnie na drugim zestawie kolejnych 100 dodatkowych SNP, <strong>stanowi\u0105c \u0142\u0105cznie panel 200 marker\u00f3w SNP. <\/strong> Bior\u0105c pod uwag\u0119 aktualny stan wiedzy i do\u015bwiadczenie z wykorzystaniem marker\u00f3w SNP w weryfikacji pochodzenia, obejmuj\u0105ce r\u00f3wnie\u017c wytyczne Mi\u0119dzynarodowego Towarzystwa Genetyki Zwierz\u0105t (ISAG, International Society for Animal Genetics), zosta\u0142a wprowadzona nast\u0119puj\u0105ca metodologia dla weryfikacji pochodzenia ICAR prowadzonej przez centra obliczeniowe:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>W wyniku prac Grupy Roboczej ICAR ds. DNA, cztery markery SNP wchodz\u0105ce w sk\u0142ad obecnego panelu 200 SNP zosta\u0142y wykluczone. Spowodowa\u0142o to redukcj\u0119 liczby marker\u00f3w SNP do 196. Wszystkie organizacje otrzymuj\u0105ce akredytacj\u0119 ICAR dla Centr\u00f3w Interpretacji Danych prowadz\u0105 weryfikacj\u0119 pochodzenia w oparciu o pomniejszony panel SNP. Markery kt\u00f3re zosta\u0142y wykluczone z analiz to: <em>ARS-USMARC-Parent-DQ837645-rs29015870<\/em>; <em>ARS-USMARC-Parent-DQ786766-rs29012070; ARS-BFGL-NGS-76191; BTA-100621-no-rs oraz ARS-BFGL-NGS-99210<\/em>, a przyczyny ich usuni\u0119cia zosta\u0142y uj\u0119te w <a href=\"https:\/\/interbull.org\/ib\/icar_accr_guidelines\">Aneksie 1<\/a>.<\/li>\n\n\n\n<li>Proces weryfikacji pochodzenia jest procesem jednoetapowym, obejmuje analiz\u0119 opart\u0105 na zestawie 195 marker\u00f3w SNP.<\/li>\n\n\n\n<li>Minimalna liczba marker\u00f3w SNP odczytanych dla osobnika, zgodnie z wytycznymi ISAG i jej skalowaniem w celu odzwierciedlenia ca\u0142kowitej liczby SNP (obci\u0119ta do 95%) wynosi <strong>185 marker\u00f3w<\/strong>.<\/li>\n\n\n\n<li>Etapy testu weryfikacji pochodzenia:<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Etap 1 (Step 1)<\/h4>\n\n\n\n<p>Przeprowadzenie oddzielnej weryfikacji dla ka\u017cdej kombinacji zwierz\u0119cia z jego zarejestrowanym ojcem i\/lub matk\u0105 posiadaj\u0105c\u0105 genotyp SNP. Informacyjne markery SNP to te, kt\u00f3re s\u0105 homozygotyczne w przypadku badanego zwierz\u0119cia i jego rodzic\u00f3w. Konflikt wyst\u0119puje w przypadku gdy ka\u017cdy z nich jest homozygotyczny dla innego allelu (badane zwierz\u0119 wykazuje genotyp AA, natomiast rodzic genotyp BB). W oparciu o minimalne kryteria dla 186 marker\u00f3w SNP dost\u0119pnych dla badanego zwierz\u0119cia i ka\u017cdego rodzica, minimalna liczba dost\u0119pnych <strong>wsp\u00f3lnych<\/strong> <strong>SNP<\/strong> dla weryfikacji ka\u017cdej kombinacji zwierz\u0119-ojciec\/zwierz\u0119-matka <strong>wynosi 175<\/strong> (tj.: 195 &#8211; (2 x (195-185)) = 175). Dla tego etapu stosuje si\u0119 nast\u0119puj\u0105ce zasady przy nadawaniu wyniku weryfikacji pochodzenia:<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-table is-style-stripes\"><table><thead><tr><th class=\"has-text-align-center\" data-align=\"center\"><strong>Liczba konflikt\u00f3w<\/strong><\/th><th><strong>Status\/Wynik<\/strong><\/th><\/tr><\/thead><tbody><tr><td class=\"has-text-align-center\" data-align=\"center\">0-2<\/td><td><span class=\"has-inline-color has-vivid-green-cyan-color\"><strong>pochodzenie zgodne\/parentage accepted<\/strong><\/span><\/td><\/tr><tr><td class=\"has-text-align-center\" data-align=\"center\">3-5<\/td><td><span class=\"has-inline-color has-luminous-vivid-orange-color\"><strong>pochodzenie w\u0105tpliwe\/parentage doubtful<\/strong><\/span><\/td><\/tr><tr><td class=\"has-text-align-center\" data-align=\"center\">&gt;5<\/td><td><span class=\"has-inline-color has-vivid-red-color\"><strong>pochodzenie wykluczone\/parentage excluded<\/strong><\/span><\/td><\/tr><\/tbody><\/table><figcaption class=\"wp-element-caption\">Etap 1, Niezale\u017cna weryfikacja pochodzenia wzgl\u0119dem ojca lub matki<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n<h4 class=\"wp-block-heading\">Etap 2 (Step 2)<\/h4>\n\n\n\n<p>W przypadku, gdy zar\u00f3wno ojciec jak i matka maj\u0105 wynik<mark style=\"background-color:rgba(0, 0, 0, 0)\" class=\"has-inline-color has-vivid-green-cyan-color\"> <strong><strong>pochodzenie zgodne\/parentage accepted<\/strong><\/strong><\/mark> w Etapie 1, istnieje mo\u017cliwo\u015b\u0107 weryfikacji czy kombinacja tych rodzic\u00f3w jest poprawna. W tym przypadku informatywnymi markerami SNP s\u0105 homozygotycznie wyst\u0119puj\u0105ce u obojga rodzic\u00f3w, natomiast u potomka s\u0105 to markery heterozygotyczne (AB). Konflikt w tym przypadku definiuje si\u0119, gdy rodzice s\u0105 homozygotyczni dla tego samego allelu (ojciec AA i matka AA; ojciec BB i matka BB) podczas gdy potomstwo jest heterozygotyczne (AB). W tym przypadku, <strong>minimalna liczba dost\u0119pnych wsp\u00f3lnych SNP wynosi 166<\/strong> (195 &#8211; (3 x (195-185)) = 165). Dla tego etapu stosuje si\u0119 nast\u0119puj\u0105ce zasady przy nadawaniu wyniku weryfikacji pochodzenia:<\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-table is-style-stripes\"><table><tbody><tr><td class=\"has-text-align-right\" data-align=\"right\"><strong>Liczba konflikt\u00f3w<\/strong><\/td><td><strong>Status\/Wynik<\/strong><\/td><\/tr><tr><td class=\"has-text-align-right\" data-align=\"right\">0-2<\/td><td><span class=\"has-inline-color has-vivid-green-cyan-color\"><strong>pochodzenie zgodne<\/strong><\/span><\/td><\/tr><tr><td class=\"has-text-align-right\" data-align=\"right\">3-5<\/td><td><span class=\"has-inline-color has-luminous-vivid-orange-color\"><strong>pochodzenie w\u0105tpliwe<\/strong><\/span><\/td><\/tr><tr><td class=\"has-text-align-right\" data-align=\"right\">&gt;5<\/td><td><span class=\"has-inline-color has-vivid-red-color\"><strong>pochodzenie wykluczone<\/strong><\/span><\/td><\/tr><\/tbody><\/table><figcaption class=\"wp-element-caption\">Etap 2, Zale\u017cna weryfikacja pochodzenia wzgl\u0119dem ojca i matki<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Zwierz\u0119ta z genotypem tylko jednego rodzica, kt\u00f3re w wyniku przeprowadzenia Etapu 1 procesu weryfikacji pochodzenia otrzymuj\u0105 &#8222;<a href=\"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/docs\/certyfikat\/\">Certyfikat potwierdzenia pochodzenia<\/a>&#8221;  tylko w przypadku gdy wynik badania to <strong>pochodzenie zgodne<\/strong>. W innych przypadkach jest to &#8222;Ekspertyza weryfikacji pochodzenia&#8221;<\/li>\n\n\n\n<li>Zwierz\u0119ta z genotypem obojga rodzic\u00f3w, kt\u00f3re w wyniku przeprowadzenia Etapu 2 procesu weryfikacji pochodzenia otrzymuj\u0105 &#8222;<a href=\"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/docs\/certyfikat\/\">Certyfikat potwierdzenia pochodzenia<\/a>&#8221; tylko w przypadku gdy wynik badania to <strong>pochodzenie zgodne<\/strong>. W innych przypadkach jest to &#8222;Ekspertyza weryfikacji pochodzenia&#8221;<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Procedura weryfikacji pochodzenia wykonywana jest zgodnie z zaleceniami ICAR opisanymi w dokumencie &#8222;ICAR Guidelines for Parentage Verification and Parentage Discovery based on SNP&#8221; oraz w oparciu o list\u0119 marker\u00f3w SNP [&hellip;]<\/p>\n","protected":false},"author":3,"featured_media":0,"parent":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"","meta":{"footnotes":""},"doc_category":[16],"doc_tag":[7,19],"class_list":["post-200","docs","type-docs","status-publish","hentry","doc_category-weryfikacja-pochodzenia","doc_tag-snp","doc_tag-weryfikacja-pochodzenia"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/docs\/200","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/docs"}],"about":[{"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/types\/docs"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/users\/3"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=200"}],"version-history":[{"count":21,"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/docs\/200\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1808,"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/docs\/200\/revisions\/1808"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=200"}],"wp:term":[{"taxonomy":"doc_category","embeddable":true,"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/doc_category?post=200"},{"taxonomy":"doc_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/crs.izoo.krakow.pl\/wiki\/wp-json\/wp\/v2\/doc_tag?post=200"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}